Den 2. marts 1898 afgår Thomsens skib – jagten ”Frederikshaab” fra Nykøbing Havn med fyrretømmer og planker ombord kursen sættes mod Halmstad i Sverige. Kaptajnen er P. Petersen. Skibet ankommer også til Halmstad. Fuldtlastet med træ lå det fortøjet i Halmstad Havn med en svensk dæksbåd på ydersiden. Dæksbåden blev herefter påsejlet af S/S ”Halmstad” af Sunderland og stødtes derved med en sådan kraft ind på jagtens side, at denne blev læk og fyldtes med vand i løbet af et kvarter; men holdt sig dog flydende på lasten. Ved en besigtelse af fartøjet, blev det vurderet til 2.300 kr., medens skaden ansloges til 2.000 kr., hvilket beløb blev erstattet af den nævnte damper. Da jagten kendtes uistandsættelig blev den kondemneret og solgt ved auktion.
Selv om købmand N. W. Thomsen ejede og beboede på Grønnehavegård og førte stort hus, og kørte til København i egen karosse, gik det ham som skrevet tidligere meget skidt. Den 25. marts 1900 bliver det for meget for N. W. Thomsen der lejer sig ind på Hotel ”Tre Hjorter” i det indre København. Ejendommen, der i 1930 stoppede som gæstgiveri, lå i latinerkvarteret – i daglig tale kaldt ”Pisserenden”. På et værelse tager han livet af sig selv, eller som der står skrevet i kirkebogen: ”Aflivet sig ved hængning”
Familien havde indrykket denne bekendtgørelse Nykjøbing Avis.
Det fortælles, at hans lig kom til Nykøbing en sen aften, og da selvmordere dengang ikke måtte komme ind ad kirkegårdsporten, lodsede man kisten over muren, og sænkede den i graven, der lå lige inden for porten. Det lyder jo som noget af en røverhistorie – der krævede lidt undersøgelse. På Assistents kirkegården i Nykøbing, der blev taget i brug i 1898, findes der en gravsten hvorpå der står N. W. Thomsens familiegravsted. Men er han kommet til Nykøbing eller ikke? Et par mails bekræfter at han er blevet begravet på Vester Kirkegård, og for begravelsen er der betalt 22,50 kr. – hvilket man må formode at børnene har ordnet. Men han er, efter det jeg har undersøgt ikke begravet og registreret på Assistents Kirkegården i Nykøbing.
Efter Thomsens død blev hovedbygningen og den tidligere hestestald øst for denne overtaget af garver Schackes søstre Hanne Lutzen og Mathilde Andersen, af hvilke førstnævnte blev eneejer i 1903. Da søstrene overtog fallitboet efter Thomsens blev hovedbygningen delt i to lejligheder. Den ene med indgang fra Grønnehavestræde, og som i mange år blev beboet af bankdirektør – tidligere manufakturhandler – Jacob Hansen og hustru Margrethe Kirstine Nielsine Ulrikke Jacobsen, og den anden lejlighed af postekspedient Stener. Margrethe stillede i øvrigt op til sognerådsvalget i marts 1909, da kvinderne for første gang fik valgret.
Det var børnene der havde indrykket bekendtgørelsen i avisen. Peter Anton Thomsen, der var det eneste barn af første ægteskab, flyttede fra Nykøbing og slog sig i København på Øster Farimagsgade.
Sønnen Carl Ludvig Thomsen, der har overtaget erhvervet som kreaturhandler fra hans far, flyttede sammen søsteren Anna Sophie Thomsen og hun bliver husbestyrerinde i deres fælles lejlighed på Algade 48. 1. Carl bliver senere sparekassebestyrer. Men ingen af dem får børn og bliver boende i Nykøbing – i 1940 dør Anna og 8 år senere dør Carl.
Agnes bliver den 21 september 1900 gift med Jens Carl Mortensen der også var født i Nykøbing og han bliver inspektør på Nørlund Gods, hvortil de flytter samme år. I 1940 dør Agnes også uden at få børn, og således sluttede historien om familien Thomsen, den største skibsreder og købmand i Nykøbing.
Niels William Thomsen (1833-1900), var den købmand i Nykøbing med flest skibe i havnen i Nykøbing, men det endte med selvmord, d. 25 marts 1900.
